Игорь Пишет:
Могу предположить, что дубликаты образовались раньше, но стали у меня отображаться после увеличения лимита на кол-во тегов с 1000 до 2000 шт.
Да это тоже возможно.
Увы на своей стороне простого способа схлопнуть тоже нет.
Как вариант можете попробовать другой способ, сделать экспорт данных в формате импорта, затем почистить все данные в меню "начать всё сначала" (теги мы удалим вручную) и затем перезалить в разделе "импорт данных".
Проверить импорт можно на другом аккаунте.