Такая же ситуация с расходами на бензин, а это каждую неделю может быть и по 2 раза. Оплачиваем 2000, заправляем полный бак, если не влезло - возврат переплаты на карту. В итоге расходы на бензин завышены.

Рекомендуемое решение на данный момент - изменять или удалять первоначальный расход.
Его нельзя считать корректным, но оно в большинстве ситуаций удовлетворительно, т.к. соответствие банковской выписке и проч. не является критичным.

Может введение операции "корректировка" помогла бы в данных вопросах - та же доходная\расходная операция которая вписывается в концепцию учета, но с галочкой "не использовать в отчетах\итогах", но надо поразмыслить где оно должно отображаться, а где нет.
Либо альтернативный вариант - категории с такой галочкой.
В целом с мелкими возвратами меня не смущает править первичную операцию, но в случае с покупкой-продажей машины, которая покупалось несколькими транзакциями, с кредитами и прочим несколько лет назад - было бы удобнее использовать корректировку, чем вписать в доход (но если бы начинал вести сначала всё - крупные покупки определял бы в отдельный счёт "Имущество" и такой проблемы не возникло бы)